Неблагополучным по микробиологическим показателям проб воды названо озере Горькое в Алтайском районе. Загрязнения воды выявлены также в озерах Красное (село Бондарево), Подгорное (село Новотроицкое) и Утиное (село Куйбышево).
Среди других водоемов неблагополучными названы два небольших озера в окрестностях Саяногорска - в районе школы №1 и Карьерное.